лечение инфекции, вызываемой вирусом папилломы человека

Формула изобретения

1. Способ лечения рецидивирующего респираторного папилломатоза, включающий введение пациенту, у которого выявлен рецидивирующий респираторный папилломатоз, терапевтически эффективного количества композиции, содержащей слитый белок, включающий (1) белок теплового шока (Hsp) или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок Е7 вируса папилломы человека (HPV) или его антигенный фрагмент.

2. Способ лечения рецидивирующего респираторного папилломатоза, включающий введение пациенту, у которого выявлен рецидивирующий респираторный папилломатоз, терапевтически эффективного количества композиции, содержащей нуклеиновую кислоту, кодирующую слитый белок, включающий (1) Hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент.

3. Способ по п.1 или 2, в котором рецидивирующий респираторный папилломатоз представляет собой юношеский рецидивирующий респираторный папилломатоз.

4. Способ по п.3, в котором юношеский рецидивирующий респираторный папилломатоз представляет собой юношеский ларингеальный папилломатоз.

5. Способ по п.1 или 2, в котором рецидивирующий респираторный папилломатоз представляет собой рецидивирующий респираторный папилломатоз взрослых.

6. Способ по одному из пп.1-5, в котором у пациента имеет место рецидивирующий респираторный папилломатоз, связанный с инфекцией HPV типа 6.

7. Способ по одному из пп.1-5, в котором у пациента имеет место рецидивирующий респираторный папилломатоз, связанный с инфекцией HPV типа 11.

8. Способ лечения аногенитальной бородавки у пациента, включающий введение пациенту, у которого выявлена аногенитальная бородавка, терапевтически эффективного количества композиции, содержащей слитый белок, включающий (1) Hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент, причем аногенитальная бородавка вызвана инфекцией первого типа HPV и где белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент происходит от второго типа HPV, отличающегося от первого типа HPV.

9. Способ лечения аногенитальной бородавки у пациента, включающий введение пациенту, у которого выявлена аногенитальная бородавка, терапевтически эффективного количества композиции, содержащей нуклеиновую кислоту, кодирующую слитый белок, включающий (1) Hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент, причем аногенитальная бородавка вызвана инфекцией первого типа HPV и где белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент происходит от второго типа HPV, отличающегося от первого типа HPV.

10. Способ лечения у пациента заболевания или состояния, вызванного инфекцией HPV, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества композиции, содержащей слитый белок, включающий (1) Hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент, причем указанное заболевание или состояние вызвано инфекцией HPV, тип которого отличается от типа HPV, от которого происходит белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент.

11. Способ лечения у пациента заболевания или состояния, вызванного инфекцией HPV, включающий введение пациенту терапевтически эффективного количества композиции, содержащей нуклеиновую кислоту, кодирующую слитый белок, включающий (1) Hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент, причем указанное заболевание или состояние вызвано инфекцией HPV, тип которого отличается от типа HPV, от которого происходит белок Е7 HPV или его антигенный фрагмент.

12. Способ по п.10 или 11, в котором у пациента имеет место заболевание или состояние, связанное с инфекцией HPV типа 6 или HPV типа 11.

13. Способ по п.10 или 11, в котором у пациента имеется бородавка одного из внутренних органов.

14. Способ по п.10 или 11, в котором у пациента имеется бородавка на голосовых связках.

15. Способ по одному из пп.1-14, в котором слитый белок включает Hsp.

16. Способ по одному из пп.1-14, в котором слитый белок включает белок Е7 HPV.

17. Способ по одному из пп.1-14, в котором слитый белок включает Hsp и белок Е7 HPV.

18. Способ по одному из пп.1-17, в котором белок Е7 HPV представляет собой белок Е7 HPV типа 16.

19. Способ по одному из пп.1-18, в котором Hsp представляет собой белок Hsp70.

20. Способ по одному из пп.1-18, в котором Hsp представляет собой микобактериальный Hsp.

21. Способ по одному из пп.1-18, в котором Hsp представляет собой белок Hsp60.

22. Способ по п.21, в котором белок Hsp60 представляет собой микобактериальный белок Hsp60.

23. Способ по п.22, в котором микобактериальный белок Hsp60 представляет собой белок Hsp60 Micobacterium bovis.

24. Способ по п.23, в котором белок Hsp60 Micobacterium bovis представляет собой BCG Hsp65 Micobacterium bovis.

25. Способ по одному из пп.1-14, в котором слитый белок включает белок Hsp60 и белок Е7 типа 16 HPV.

26. Способ по одному из пп.1-14, в котором слитый белок включает BCG Hsp65 Micobacterium bovis и белок Е7 типа 16 HPV.

27. Способ по одному из пп.1-26, в котором фармацевтическая композиция содержит по меньшей мере 500 мкг слитого белка.

28. Способ по одному из пп.1-27, в котором фармацевтическую композицию вводят без адъюванта.

29. Способ по одному из пп.1-28, в котором по меньшей мере одну бустер-дозу фармацевтической композиции вводят пациенту после введения первой прайминг-дозы.

30. Способ по одному из пп.1-29, в котором фармацевтическую композицию вводят пациенту подкожно.

31. Способ по одному из пп.1-30, в котором пациент является млекопитающим.

32. Способ по п.31, в котором млекопитающее является человеком.

33. Способ по п.10 или 11, в котором заболевание или состояние, вызванное инфекцией HPV, представляет собой бородавку, подошвенные бородавки, рак шейки матки, дисплазию шейки матки, рак прямой кишки, дисплазию прямой кишки или рецидивирующий респираторный папилломатоз.

Описание изобретения к патенту

Данное изобретение относится к способам терапии инфекций, вызываемых вирусом папилломы человека.

Предпосылки изобретения

Инфицирование вирусом папилломы человека (HPV) достаточно распространено. HPV может передаваться половым путем, и, согласно оценке, 20-80% активных в половом отношении взрослых людей были инфицированы этим вирусом. Хотя большинство инфицирований являются бессимптомными, инфицирование может приводить к развитию генитальных остроконечных бородавок (кондилом) (которые имеют частоту случаев заражения приблизительно 1-5% среди взрослых) и раку аногенитальных путей. Другой тип рака, рак шейки матки, в значительной степени связан с HPV (Frazer, Genitourin. Med. 72:398-403, 1996). Типы 6, 11, 16, 18, 31 и 33 HPV часто также связаны с повышенным риском развития рака (кондиломами), причем типы 16 и/или 18 определяются в более чем 90% карцином шейки матки (van Driel et al., Ann. Med. 28:471-477, 1996). Типы 6 и 11 также связаны с аногенитальными бородавками. В отношении обзоров по вирусам папиллом и связанным с ними патологиям см. Shah et al., "Chapter 66: Papillomaviruses," In: Virology, 3^rd Edition, Fields et al., Eds., Raven Press, Philadelphia, pp.2077-2109, 1996 и zur Hausen, J. Natl. Cancer Inst. 92:690-698, 2000.

В настоящее время не существует безопасного и эффективного способа лечения или профилактики бородавок или описанных выше заболеваний путем нацеливания иммунной системы. Попытки развития таких терапий затруднялись в силу нескольких причин, одной из которых является догма, заключающаяся в том, что антигены из отдельного типа HPV индуцируют ограниченную, типоспецифическую иммунную реакцию. Таким образом, предполагалось, что коктейль (смесь), содержащий антигены из нескольких различных типов HPV, является необходимым для широко применимой эффективной терапии инфекций HPV (Caine et al., Science 288:1753, 2000).

Сущность изобретения

Данное изобретение основано, частично, на обнаружении того, что слитый белок, содержащий белок из одного типа HPV, может быть использован для лечения заболевания или состояния, которое вызывается инфекцией другим типом HPV. Например, антиген HPV типа 16, слитый с бактериальным белком теплового шока (hsp), был эффективным в лечении аногенитальных бородавок человека, вызванных типами HPV, другими, чем тип 16 (например, типами 6 и 11 HPV). Этот результат подтверждает два утверждения: (1) что бородавки могут лечиться белком HPV и (2) что терапевтические агенты, нацеленные на HPV, не должны обязательно содержать белковые антигены из различных типов HPV, чтобы быть в широком плане эффективными.

Таким образом, данное изобретение описывает способ лечения бородавок у субъекта посредством введения субъекту композиции, содержащей (1) hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок HPV (например, антигенный белок, такой как белок Е7, например, вируса HPV типа 16) или его антигенный фрагмент. Эти компоненты могут называться "компонентом (1)" и "компонентом (2)" соответственно. Hsp (или его иммуностимуляторный фрагмент) и белок HPV (или его антигенный фрагмент) могут быть либо просто скомбинированы в одном и том же препарате, либо связаны более прочно химической конъюгацией или слиянием (т.е. можно вводить слитый белок, имеющий описанные здесь компоненты, или молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует этот белок). При комбинировании, конъюгации или слиянии компонент (1) и компонент (2) вводятся одновременно. Однако каждый компонент может быть также введен отдельно (например, последовательно), и компонент (2) может быть введен без компонента (1). Способ, описанный выше, может включать стадию, в которой производят идентификацию субъекта, который имеет бородавку или, у которого предполагается наличие бородавки (в контексте лечения субъекта эта идентификация должна проводиться перед началом введения терапевтического агента). Врачи и другие специалисты в данной области вполне способны идентифицировать таких субъектов.

Способы данного изобретения могут использоваться также для профилактики бородавок, и в этом случае идентифицируют субъекта, которому желательна или полезна профилактика бородавок (а не субъекта, у которого уже есть бородавки).

Данное изобретение описывает также способы лечения субъекта, который страдает заболеванием или состоянием, вызванным инфекцией HPV первого типа (например, типа 5, 6, 11, 18, 31, 33, 35, 45, 54, 60 или 70), посредством введения этому субъекту композиции, содержащей (1) hsp или его иммуностимуляторный фрагмент и (2) белок HPV второго типа (например, типа 16) или его антигенный фрагмент. То есть HPV "первого типа" и HPV "второго типа" являются отличающимися друг от друга, они являются двумя различными типами HPV. Hsp (или его иммуностимуляторный фрагмент) и белок HPV (или его антигенный фрагмент) могут быть либо просто скомбинированы в одном и том же препарате, либо необратимо связаны химической конъюгацией или слиянием (т.е. можно вводить слитый белок, имеющий описанные компоненты, или молекулу нуклеиновой кислоты, которая кодирует этот белок). При комбинировании, конъюгации или слиянии компонент (1) и компонент (2) вводятся одновременно. Однако каждый компонент может быть также введен отдельно (например, последовательно), и компонент (2) может быть введен без компонента (1). В этом случае опять этот способ может включать стадию, в которой производят идентификацию субъекта, который инфицирован HPV (или связанное с HPV заболевание или состояние) или у которого предполагается наличие инфекции HPV (или связанного с HPV заболевания или состояния).

Когда субъект, который инфицирован первым типом HPV, получает композицию, которая включает второй тип HPV, способ может проводиться перед типированием инфекции HPV, перед обнаружением или проявлением инфекции HPV (т.е. не требуется знать конкретный тип HPV, которым был или будет инфицирован данный субъект, перед началом лечения или профилактики). В случае, когда эти способы являются профилактическими, они могут включать стадию, в которой идентифицируют субъекта, которому желательна или полезна профилактика инфекции HPV.

Описанные композиции могут вводиться в количествах, которые являются достаточными для лечения бородавок (например, посредством уменьшения размера или изменения формы бородавки или посредством ослабления симптома, связанного с бородавкой (например, боли, часто связанной с подошвенной (роговой) бородавкой); когда субъект имеет более чем одну бородавку, лечение может включать в себя уменьшение числа бородавок). Подобным образом, описанные композиции могут вводиться в количествах, которые являются достаточными для лечения заболевания (например, рака (такого как рак шейки матки или рак прямой кишки)), или другого состояния (например, дисплазии (такой как дисплазия шейки матки или прямой кишки)), которое вызвано инфекцией HPV или связано с инфекцией HPV. Хотя бородавки упоминаются отдельно выше, бородавки составляют также состояние, обусловленное или связанное с HPV. Врачам и специалистам в данной области понятно, что эффективное "лечение" бородавки или заболевания, связанного с HPV, будет иметь место при снижении нежелательного физиологического эффекта, связанного с бородавкой или заболеванием, или состоянием. Клинические и физиологические проявления бородавки, а также проявление заболевания или состояния, связанного с HPV-инфекцией, обсуждаются, например, в Fauci et al., Harrisson's Principles of Internal Medicine, 14^th Edition, McGraw-Hill Press, New York, pp 302-303 и 1098-1100, 1998.

"Субъектами", для которых будет полезным применение описанных способов, являются субъекты, которые могут быть инфицированы вирусами папилломы (например, млекопитающие, такие как люди, домашний скот (например, коровы, лошади, свиньи, овцы и козы) и домашние животные (например, кошки и собаки)). Бородавкой может быть бородавка, которая встречается на гениталиях, коже или внутренних органах субъекта (например, бородавки, которые возникают на голосовых связках в случае рецидивирующего респираторного папилломатоза (RRP; также известного как юношеский папилломатоз гортани (JLP), или возникающего у взрослых RRP)).

Кроме того, данное изобретение включает применение описанных одной или более композиций (в том числе композиций, которые содержат белки, белковые конъюгаты или слитые белки или молекулы нуклеиновых кислот, которые их кодируют), для лечения субъекта, имеющего бородавки или стадающего заболеванием или состоянием, связанным (или вызываемым) HPV-инфекцией, в соответствии с описанными способами. Дополнительно данное изобретение включает применение одной или более таких композиций для производства лекарственного средства для лечения субъекта, который имеет бородавки или страдает заболеванием или состоянием, связанным с (или вызываемым) HPV-инфекцией, в соответствии с описанными способами.

"Антигенный фрагмент" белка (например, белка HPV) является любой частью этого белка, которая при введении в соответствии с описанными способами индуцирует в субъекте иммунную реакцию, которая является специфической либо в отношении фрагмента, либо в отношении белка, из которого этот фрагмент получен. Иммунная реакция может быть либо гуморальной, либо клеточной. Например, антигенным фрагментом может быть пептидный антиген HLA (главного комплекса гистосовместимости человека) класса I, такого как описанный ниже. Специалисту в данной области будет понятно, что иммунная реакция, желаемая в контексте данного изобретения, может быть вызвана не только интактными белками и их фрагментами, но также мутантными белками (например, белками, которые содержат одно или более добавлений, замен (например, консервативных аминокислотных замен) или делеций в своей аминокислотной последовательности). Мутантные антигены HPV могут быть легко изготовлены и тестированы на их способность работать в контексте данного изобретения.

"Иммуностимуляторный фрагмент" белка (например, hsp) является любой частью белка, которая при введении в соответствии с описанными способами способствует иммунной реакции, вызываемой антигеном. Например, если иммунная реакция на белок HPV облегчается при введении белка HPV с фрагментом hsp (например, HPV, слитого с hsp), этот фрагмент является иммуностимуляторным фрагментом hsp. Специалисту в данной области будет понятно, что иммунная реакция может также облегчаться мутантными hsp (например, hsp, которые содержат одно или более добавлений, замен (например, консервативных аминокислотных замен) или делеций в аминокислотной последовательности. Мутантные hsp могут быть легко получены и тестированы на их способность по облегчению иммунной реакции на антиген HPV.

Способы данного изобретения обеспечивают эффективные средства (1) лечения или профилактики бородавок и (2) лечения или профилактики заболевания или состояния, обусловленного инфекцией (или связанного с инфекцией) одним типом HPV, с использованием композиции, содержащей HPV другого типа. Таким образом композиция, содержащая антиген HPV единственного типа HPV, может быть использована у многих, если не у большинства субъектов, независимо от типа HPV, которым они инфицированы (или которыми они могут быть инфицированы). Неожиданным является то, что композиции HPV являются эффективными в этих обстоятельствах (т.е. обстоятельствах, требующих перекрестной реактивности). Считалось, что антигены HPV одного типа не могут вызывать эффективную иммунную реакцию против другого типа. Другие признаки или преимущества данного изобретения будут очевидными из нижеследующего подробного описания, а также из формулы изобретения.

Подробное описание

Данное изобретение относится к широко применимым эффективным терапевтическим агентам на основе HPV, содержащим hsp и белок HPV (например, белковый антиген). Без ограничения данного изобретения способами, в которых терапевтические агенты на основе HPV проявляют их действие посредством конкретного механизма, считается, что эти агенты вызывают иммунную реакцию, которая лечит бородавки и улучшает другие состояния (например, дисплазию) и заболевания (например, рак), связанные с HPV-инфекцией. Примечательно, что, хотя композиции данного изобретения могут содержать белок HPV из более чем одного типа HPV, они могут содержать белок HPV только из единственного типа. Кроме того, композиции, которые содержат белок HPV из единственного типа HPV, могут быть использованы при лечении или профилактике бородавок или других связанных с HPV заболеваний или состояний, которые вызываются HPV-инфекцией другого (т.е. отличающегося) типа. Ниже описаны различные материалы и процедуры, пригодные для применения в связи с данным изобретением.

Получение слитых белков

Последовательности нуклеиновых кислот, кодирующие hsp и белки HPV, известны и доступны специалистам в данной области. Таким образом, конструкции нуклеиновых кислот, кодирующие слитые (гибридные) полипептиды, применимые в способах данного изобретения, могут быть легко получены с использованием рутинных способов (подобным образом такие молекулы нуклеиновых кислот могут быть использованы для получения отдельно hsp и белков HPV; затем эти отдельные hsp и белки HPV могут быть скомбинированы физически (например, простым смешиванием друг с другом) или объединяться химической конъюгацией (см. ниже) или посредством дисульфидных связей). Примеры последовательностей нуклеиновых кислот, которые кодируют hsp, необязательно слитые с антигеном (например, антигеном HPV) были представлены в Международных патентных публикациях WO 89/12455, WO 94/29459, WO 98/23735 и WO 99/07860 и цитируемых в них ссылках. Способы, при помощи которых могут быть экспрессированы и очищены белки, в том числе слитые белки, описаны дополнительно ниже.

Получение белковых конъюгатов

Компонент (1) и компонент (2) могут быть также соединены посттрансляционной конъюгацией индивидуальных hsp и индивидуальных антигенов HPV. Способы химической конъюгации двух белков (или их частей) известны в данной области (см., например, способы, описанные Hermanson, Bioconjugate Techniques, Academic Press, San Diego, CA, 1996; Lussow et al., Eur. J. Immun. 21:2297-2302, 1991; и Barrios et al., Eur. J. Immun. 22:1365-1372, 1992). Конъюгаты могут быть получены способами, которые используют сшивающие агенты, такие как глутаральдегид (который становится частью полученного конъюгата), или которые соединяют компонент (1) и компонент (2) дисульфидными связями. Можно использовать цистеиновые остатки, которые либо природно присутствуют, либо рекомбинантно встраиваются в hsp, антиген HPV или в оба для облегчения образования межмолекулярных дисульфидных связей. Композиции, содержащие hsp или их иммуностимуляторные фрагменты (т.е. компонент (1)), которые нековалентно связаны с антигенами HPV, могут быть получены, как описано в Патентах США №6048530; 6017544; 6017540; 6007821; 5985270; 5948646; 5935576; 5837251; 5837251; 5830464 или 5750119. См. также Патенты США №5997873; 5961979; 6030618; 6139841; 6156302; 6168793 и Международную патентную публикацию WO 97/06821.

Независимо от конечной конфигурации вводимой композиции компонент (1) и компонент (2) могут включать в себя следующее.

Белковые антигены HPV

Любой антиген HPV может быть использован в композициях (например, в описанных смесях, конъюгатах и слитых белках) данного изобретения. Однако особенно полезными должны быть антигены HPV, которые экспрессируют узнаваемые эпитопы на поверхности инфицированной HPV клетки. HPV экспрессирует шесть или семь неструктурных белков и два структурных белка, и каждый из них может служить в качестве мишени в иммунопрофилактическом или иммунотерапевтическом подходах, описанных здесь.

Вирусные капсидные белки L1 и L2 являются поздними структурными белками. L1 является основным капсидным белком, аминокислотная последовательность которого является высококонсервативной среди различных типов HPV. Имеются семь ранних неструктурных белков. Белки Е1, Е2 и Е4 играют важную роль в репликации вируса. Белок Е4 также играет роль в созревании вируса. Роль Е5 является менее хорошо известной. Белки Е6 и Е7 являются онкобелками, которые являются критическими для репликации вируса, а также для иммортализации и трансформации клетки-хозяина.

Белки теплового шока (hsp)

Были выделены, клонированы и охарактеризованы разнообразные hsp из множества различных организмов (Mizzen, Biotherapy 10:173-189, 1998; в данном описании изобретения термин "белок (белки) теплового шока" или его аббревиатура (hsp)) является синонимом с белками, называемыми "индуцируемыми стрессом белками"). Иммуностимуляторные hsp или их иммуностимуляторные фрагменты пригодны для применения в описанных композициях (например, в виде слитого полипептида). Hsp70, hsp60, hsp20-30 и hsp10 находятся среди основных детерминант, распознаваемых иммунными реакциями хозяина на инфекцию Mycobacterium tuberculosis и Mycobacterium leprae. Кроме того, было обнаружено, что hsp65 Bacille Calmette Guerin (BCG), штамма Mycobacterium bovis, является эффективным иммуностимуляторным агентом, как описано в примере ниже.

Семейства генов hsp и белков hsp, любые из которых могут быть использованы, как описано, в качестве компонента (1), хорошо известны в данной области. Они включают, например, Hsp100-200, Hsp100, Hsp90, Lon, Hsp70, Hsp60, TF55, Hsp40, FKBP, циклофилины, Hsp20-30, ClpP, GrpE, Hsp10, убиквитин, кальнексин и протеиндисульфидизомеразы. См., например, Macario, Cold Spring Harbor Laboratory Res. 25:59-70, 1995; Parsell et al., Rev. Genet. 27:437-496, 1993; и Патент США №5232833. Hsp могут происходить из hsp млекопитающих, бактерий или микобактерий, но не только из них.

Grp170 (регулируемый глюкозой белок) является примером hsp семейства hsp100-200. Grp170 находится в просвете эндоплазматического ретикулума, в пред-компартменте Гольджи и может играть роль в укладке и сборке иммуноглобулина.

Примеры hsp в семействе hsp100 включают Hsp110 млекопитающих, Hsp104 дрожжей и hsp ClpA, ClpB, ClpC, ClpX и ClpY E. coli.

Примеры hsp в семействе hsp90 включают HtpG в E. coli, Hsp83 и Hsс83 в дрожжах и Hsp90 , Hsp и Grp94 у людей. Hsp90 связывает группы белков, которые являются обычно клеточными регуляторными молекулами, такими как рецепторы стероидных гормонов (например, рецепторы глюкокортикоида, эстрогена, прогестерона и тестостерона), факторы транскрипции и протеинкиназы, которые играют роль в механизмах передачи сигналов. Белки Hsp90 также участвуют в образовании больших, обильных белковых комплексов, которые включают другие стрессовые белки.

Lon является тетрамерной АТФ-зависимой протеазой, которая разрушает неприродные белки в E. coli.

Примеры hsp семейства hsp70 включают Hsp72 и Hsc73 клеток млекопитающих, DnaK бактерий или микобактерий, таких как Mycobacterium leprae, Mycobacterium tuberculosis и Mycobacterium bovis (например, Bacille-Calmette Guerin; называемый здесь hsp71), DnaK из E. coli, дрожжей и других прокариот и BiP и Grp78. Hsp70 способен специфически связывать АТФ, а также не уложенные полипептиды и пептиды; hsp70 участвует в укладке и разложении, а также в сборке и нарушении сборки белковых комплексов.

Примером hsp семейства Hsp60 является Hsp65 микобактерий. Бактериальный Hsp60 обычно известен также как GroEL. Hsp60 образует большие гомоолигомерные комплексы и, по-видимому, играет ключевую роль в укладке белков. Гомологи hsp60 присутствуют в эукариотических митохондриях и хлоропластах.

Примеры hsp в семействе TF55 включают Tcpl, TRiC и термосому. Эти белки обычно встречаются в цитоплазме эукариот и некоторых архебактерий и они образуют мультимерные кольца, стимулируя укладку белка. Они являются также слабо гомологичными Hsp60.

Примеры hsp семейства Hsp40 включают DnaJ прокариот, таких как E. coli и микобактерии, и HSJ1, HDJ1 и Hsp40. Hsp40 играет роль "молекулярного наставника" в укладке белка, термоустойчивости и репликации ДНК, среди других клеточных активностей.

Примеры FKBP включают в себя FKBP12, FKBP13, FKBP25 и FKBP59, Fprl и Nepl. Эти белки обычно имеют пептидилпролилизомеразную активность и взаимодействуют с иммуносупрессорами, такими как FK506 и рапамицин. Эти белки обычно обнаруживаются в цитоплазме и эндоплазматическом ретикулуме.

Примеры циклофилинов включают циклофилины А, В и С. Эти белки обладают пептидилпролилизомеразной активностью и взаимодействуют с иммуносупрессором циклоспорином А.

Hsp20-30 называют также малым Hsp. Hsp20-30 обычно обнаруживается в больших гомоолигомерных комплексах или, возможно, гетероолигомерных комплексах. Организм или тип клетки может экспрессировать несколько различных типов малых Hsp. Hsp20-30 взаимодействует со структурами цитоскелета и может играть регуляторную роль в полимеризации/деполимеризации актина. Hsp20-30 быстро фосфорилируется при стрессе или под действием покоящихся клеток факторами роста. Гомологи Hsp20-30 включают альфа-кристаллин.

ClpP является протеазой E. coli, участвующей в разрушении дефектных белков. Гомологи ClpP обнаружены в хлоропластах. ClpP образует гетероолигомерный комплекс с ClpA.

GrpE является белком приблизительно 20 кДа E. coli, который участвует в спасении поврежденных стрессом белков, а также в разрушении поврежденных белков. GrpE играет роль в регуляции стрессовой экспрессии генов в E. coli.

Примеры Hsp10 включают GroES и Cpn10. Hsp10 обнаружен в E. coli и в митохондриях и хлоропластах эукариотических клеток. Hsp10 образует семичленное кольцо, которое связывается с олигомерами Hsp60. Hsp10 участвует также в укладке белка.

Было обнаружено, что убиквитин связывает белки в координации с протеолитическим удалением белков АТФ-завивисимыми цитозольными протеазами.

Стрессовые белки, применимые в данном изобретении, могут быть получены из энтеробактерий (например, E. coli), микобактерий (в частности, M. leprae, M. tuberculosis, M. vaccae, M. smegmatis и M. bovis), дрожжей, Drosophila, позвоночных (например, птиц и/или млекопитающих, таких как грызуны или приматы, включая людей).

Экспрессия и очистка белков

Белки могут быть получены рекомбинантными способами. Более конкретно, hsp (или их фрагменты) и антигены HPV (или их фрагменты), которые могут вводиться раздельно, в комбинации или после конъюгации, а также в виде слитых (гибридных) белков, содержащих компонент (1) и компонент (2), могут быть получены рекомбинантно в бактериях, дрожжах, растениях или клетках растений или животных или клетках животных. Например, hsp, антигены HPV и слитые белки, содержащие их, могут быть получены трансформацией (т.е. трансфекцией, трансдукцией или инфицированием) клетки-хозяина последовательностью нуклеиновой кислоты в подходящем экспрессионном носителе. Подходящие экспрессионные носители включают плазмиды, вирусные частицы и фаги. Для клеток насекомых подходящими являются бакуловирусные векторы. Весь экспрессионный носитель или его часть могут быть интегрированы в геном клетки-хозяина. В некоторых случаях желательно использовать индуцируемый экспрессирующий вектор, например систему индуцируемой экспрессии LACSWITCH® (Stratagene; La Jolla, CA).

Специалистам в области молекулярной биологии будет понятно, что любая из большого разнообразия систем экспрессии может быть использована для получения рекомбинантных белков (например, слитых белков), применимых в описанных способах. Конкретные клетка-хозяин и вектор, используемые в данном изобретении, не являются существенными для изобретения.

Как отмечалось выше, компонент (1), компонент (2) и слитые белки, содержащие их, могут продуцироваться клетками растений. Для клеток растений подходящими являются вирусные экспрессирующие векторы (например, вирус мозаики цветной капусты и вирус мозаики табака) и плазмидные экспрессирующие векторы (например, Ti-плазмида). Такие клетки доступны из большого диапазона источников (например, American Type Culture Collection, Manassas, VA; см. также, например, Ausubel et al. Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, New York, 1994). Способы трансформации и выбор экспрессирующего носителя будут зависеть от выбранной системы-хозяина. Способы трансформации описаны, например, в Ausubel (выше). Экспрессирующие носители могут быть выбраны из описанных, например, в Pouwels et al., Cloning Vectors: A Laboratory Manual, 1985, Supp. 1987.

Клетки-хозяева, несущие экспрессирующий носитель, могут культивироваться в общепринятой питательной среде, адаптированной, как это необходимо, для активации или репрессии выбранного гена, отбора трансформантов или амплификации выбранного гена.

Когда это приемлемо или полезно, нуклеиновая кислота, кодирующая слитый белок, может включать сигнальную последовательность для экскреции слитого белка, например, для облегчения выделения белка из культуры клеток. Могут также требоваться специфические сигналы инициации для эффективной трансляции встроенных последовательностей нуклеиновых кислот. Эти сигналы включают инициирующий кодон ATG и смежные с ним последовательности. В некоторых случаях должны быть обеспечены экзогенные сигналы регуляции трансляции, в том числе, возможно, инициирующий кодон ATG. Кроме того, инициирующий кодон должен находиться в фазе с рамкой считывания желаемой кодирующей последовательности для обеспечения трансляции всей вставки. Эти экзогенные сигналы регуляции трансляции и инициирующие кодоны могут быть различного происхождения, как природные, так и синтетические. Эффективность экспрессии может быть усилена включением подходящих энхансерных элементов транскрипции и трансляции (например, энхансерных элементов, описанных в Bittner et al., Methods in Enzymol. 153:516, 1987).

Компонент (1), компонент (2) и слитые белки, содержащие их, могут быть растворимыми в нормальных физиологических условиях. Кроме того, такие слитые белки могут включать один или более посторонних (т.е. не являющихся hsp или HPV) белков (целых белков или их части) для получения по крайней мере тройного (состоящего из трех частей) слитого белка. "Третий" белок может быть белком, который способствует очистке, обнаружению или солюбилизации слитых белков или который обеспечивает некую другую функцию. Например, экспрессирующий вектор pUR278 (Ruther et al., EMBO J. 2:1791, 1983) может быть использован для создания lacZ-слитых белков, а векторы pGEX могут быть использованы для экспрессии чужеродных полипептидов в виде слитых белков, содержащих глутатион-S-трансферазу (GST). Обычно такие слитые белки являются растворимыми и могут быть легко очищены из лизированных клеток адсорбцией на содержащих глутатион агарозных гранулах с последующей элюцией в присутствии свободного глутатиона. Векторы pGEX сконструированы таким образом, что они содержат сайты расщепления тромбином или фактором Ха, так что клонированный генный продукт-мишень может высовобождаться из GST-части молекулы. "Третьим" белком может быть также Fc-домен иммуноглобулина. Такой слитый белок может быть легко очищен с использованием аффинной колонки. Конечно, слитые белки, используемые в способах данного изобретения, могут включать в себя более чем один компонент (1) и/или более чем один компонент (2), и компоненты (1) и (2) могут быть прямо или опосредованно связаны (например, между ними могут присутствовать один или более аминокислотных остатков).

Белок (например, hsp, антиген HPV или hsp-содержащий слитый белок) может быть очищен с использованием антитела, с которым этот белок специфически связывается. Специалист в данной области сможет использовать способы очистки на основе аффинности для очистки белков. Например, см. Janknecht et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8972, 1981 для очистки неденатурированных слитых белков, экспрессируемых клеточными линиями человека. В этой системе представляющий интерес ген субклонируют в плазмиду рекомбинации вируса коровьей оспы, так что открытая рамка считывания гена является трансляционно связанной с аминоконцевой меткой, состоящей из шести остатков гистидина. Экстракты из клеток, инфицированных рекомбинантным вирусом коровьей оспы, наносили на колонки с Ni ²⁺-содержащей связанной с нитрилоуксусной кислотой агарозой и меченые гистидином белки избирательно элюировали имидазолсодержащими буферами. Такую же процедуру использовали для бактериальной культуры.

Белки, в том числе слитые белки (в частности, белки, содержащие короткие антигенные фрагменты) могут быть также получены химическим синтезом (например, способами, описанными в Solid Phase Peptide Synthesis, 2^nd ed., 1984 The Pierce Chemical Co., Rockford, IL).

После выделения, если желательно, белки могут дополнительно очищаться и/или концентрироваться до тех пор, пока дальнейший процессинг не будет нарушать их способность индуцировать иммунную реакцию, достаточную, чтобы быть эффективной в способах данного изобретения. Многочисленные способы для очистки и концентрирования белков хорошо известны в данной области (см., например, Fisher, Laboratory Techniques In Biochemistry And Molecular Biology, Work and Burdon, Eds., Elsevier, 1980), в том числе ультрацентрифугирование и/или осаждение (например, сульфатом аммония), микрофильтрация (например, через целлюлоза-ацетатные фильтры 0,45 мкм), ультрафильтрация (например, с использованием фракционирующих по размеру мембран и рециркуляционной фильтрации), гель-фильтрация (например, колонки, наполненные Сефарозой CL-6B, CL-4B, CL-2B, 6B, 4B или 2В, Сефакрилом S-400 или S-300, Суперозой 6 или Ультрагелем А2, А4 или А6; все из которых доступны из Pharmacia Corp.), жидкостная экспресс-хроматография белков (FPLC) и высокоэффективная жидкостная хроматография (HPLC).

Перекрестно-реагирующие последовательности HPV

Специалист в данной области способен определить, может ли композиция, содержащая антиген HPV первого типа, быть использована для лечения субъекта, который был инфицирован вторым типом HPV. Анализы, на которых может быть основано такое определение, включают предполагаемые анализы (например, анализы, использующие компьютерные модели) и биологические анализы (в которых проводят тестирование на перекрестную реактивность). Могут быть использованы один тип или оба типа анализа (неудивительно, что результаты, полученные в предполагаемом анализе, было бы желательно дополнительно испытать в биологическом анализе). Далее следуют примеры каждого из анализов.

Может быть испытана перекрестная реактивность (т.е. способность композиции, содержащей антиген HPV одного типа, эффективно лечить субъекта, который инфицирован HPV другого типа или который страдает заболеванием или состоянием, связанным с HPV другого типа) с использованием хорошо установившихся иммунологических способов. Например, для демонстрации иммунной перекрестной реактивности могут быть использованы битрансгенные мыши, сконструированные для экспрессии антигенсвязывающего района молекулы МНС класса I человека и гена CD8 человека (Lustgarten et al., Human Immunol. 52:109, 1997; Vitiello et al., J. Exp. Med. 173:1007, 1991).

Более конкретно, битрансгенная мышь HLA-А2/CD8 (Lustgarten et al., выше) может быть использована для демонстрации перекрестной реактивности цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL), индуцированных в ответ на Е7 HPV16, против пептидов, полученных из белка Е7 HPV6 и 11, с использованием стандартных иммунологических способов (см., например, Coligan et al. Eds., Current Protocols in Immunology, John Wiley and Sons, 1999). Вкратце, мышей иммунизируют один-три раза с интервалами 7-21 день слитым белком HspЕ7 (на основе молекул Hsp65 BCG и Е7 HPV16). HspЕ7 суспендируют в забуференном фосфатом солевом растворе (ЗФР) и вводят подкожно в дозе от 1 мкг до 1000 мкг на мышь. Спустя семь дней после последнего введения HspЕ7 мышей умерщвляют, их селезенки извлекают и эту ткань диссоциируют в суспензию отдельных клеток. CTL, которые являются специфическими в отношении Е7 HPV, повторно стимулируют добавлением HLA-А2-связывающих пептидов, полученных из Е7 HPV16, Е7 HPV6 и Е7 HPV11, в культуральную среду в концентрации 1 мкМ. Эти клетки могут быть повторно стимулированы, например, в 6-луночных планшетах, имеющих различные пептиды в каждой из лунок. Эти пептиды (например, десять пептидов) с наивысшей предсказанной HLA-А2-связывающей аффинностью, определенной с использованием компьютерного алгоритма, могут быть использованы для каждого из HPV16, HPV6 и HPV11 (или другого типа HPV; см. Parker et al., J. Immunol. 152:163, 1994; этот алгоритм доступен также в интернете через веб-сайт BIMAS (Bioinformatics and Molecular Analysis Section) Национального института здравоохранения (доступного 26 июня 2001 на http://bimas.dcrt.nih.gov/). Кроме того, в другом случае могут также использоваться соответствующие пептиды из двух других генотипов HPV (т.е. пептид 11-20 Е7 HPV16 и пептиды 11-20 HPV6 и HPV11).

После некоторого периода времени (например, одной недели) после повторной стимуляции in vitro активность CTL может быть измерена с использованием лизиса клеток-мишеней Т2, кратковременно обработанных HLA-А2-связывающими пептидами, полученными из Е7 HPV16, Е7 HPV6 и Е7 HPV11. Кроме того, антигенспецифические Т-лимфоциты, которые распознают HLA-А2-связывающие пептиды, полученные из Е7 HPV16, Е7 HPV6 и Е7 HPV11, могут быть измерены при помощи анализа ELISPOT секретирующих IFN- клеток с использованием ранее описанных способов (Asal et al., Clin. Diagn. Lab. Immunol. 7:145, 2000). Эти анализы могли бы выполняться в мышах, трансгенных в отношении других аллелей HLA.

Альтернативно может быть измерена способность CTL, которые индуцируются иммунизацией с использованием HspЕ7, перекрестно реагировать с пептидами, полученными из белков Е7 HPV6 или HPV11 в HLA-А2-положительных субъектах, подвергающихся курсу терапии для лечения генитальных бородавок (остроконечных кондилом) с использованием HspЕ7. Мононуклеарные клетки периферической крови (PBMC) могут быть выделены из субъектов (например, пациентов-людей) перед лечением и спустя несколько дней (например, 7 дней) после каждой обработки HspЕ7. Эти клетки могут быть подвергнуты анализу с использованием флуорогенных МНС-пептидных комплексов (тетрамеров, Altman et al., Science 274:94, 1996) или с использованием анализа ELISPOT (Asal et al., Clin. Diagn. Lab. Immunol. 7:145, 2000). Клетки могут анализироваться непосредственно из периферической крови и после повторной стимуляции in vitro, как описано Youde et al. (Cancer Res. 60:365, 2000). Для повторной стимуляции in vitro 2 х 10⁶/мл PBMC культивируют в среде RPMI1640 с 10% сывороткой АВ человека (RAB) и пептидом в концентрации 10 мкг/мл. Пептиды для повторной стимуляции могут быть получены из Е7 HPV16 и содержать пептиды (например, десять пептидов) с наивысшей предсказанной HLA-А2-связывающей аффинностью, как определено с использованием компьютерного алгоритма (Parker et al., выше). В день 4 в каждую лунку добавляют 1 мл RAB, содержащей 25 единиц/мл IL-2. В день 6 1 мл среды заменяют на 1 мл среды, содержащей 10 единиц/мл IL-2. В день 7 облученные аутологичные PBMC (свежие или замороженные и затем оттаявшие) ресуспендируют при 3х10 ⁶ клеток/мл в RAB, содержащей 10 мкг/мл пептида и 3 мкг/мл ₂-микроглобулина. Антигенпредставляющим клеткам дают прикрепляться в течение двух часов и затем промывают для удаления непрекрепленных клеток перед добавлением 1-2×10 ⁶ эффекторных клеток/мл. В день 9 в каждую лунку добавляют один мл RAB, содержащей 25 единиц/мл IL-2. В день 13 содержимое лунок разделяют во множественные планшеты и среду (содержащую 10 единиц/мл IL-2) восстанавливают до исходного объема. Эти клетки используют в день 14. Для FACS-анализа получают тетрамеры, как описано ранее (Altman et al., Science 274:94, 1996). Пептидами, используемыми для загрузки тетрамеров, являются HLA-А2-связывающие пептиды, полученные из молекулы Е7 HPV16, HPV6 и HPV11. Пептиды (например, десять пептидов) с наивысшей предсказанной HLA-А2-связывающей активностью, определенной с использованием компьютерного алгоритма (Parker et al., выше), используют для каждого из HPV16, HPV6 и HPV11. Кроме того, альтернативно, используют также соответствующие пептиды из двух других генотипов HPV (т.е. пептид 11-20 Е7 HPV16 и пептиды 11-20 Е7 HPV6 и HPV11). Свежие или повторно стимулированные PBMC окрашивают РЕ-мечеными тетрамерами пептида Е7 HPV и FITC-меченым антителом против CD8 и анализируют проточной цитометрией, как было описано. Анализ ELISPOT антигенспецифических Т-лимфоцитов, которые распознают HLA-А2-связывающие пептиды, происходящие из Е7 HPV16, Е7 HPV6 и Е7 HPV11, присутствующие в свежих и повторно стимулированных РВМС, выполняют с использованием ранее описанных способов (Asal et al., Clin. Diagn. Lab. Immunol. 7:145, 2000). Подобным образом эти способы могут быть применены к субъектам с другими гаплотипами HLA.

Кроме того, можно тестировать способность РВМС человека, полученных из HLA-А2-положительных здоровых добровольцев, на лечившихся ранее HspЕ7, стимулированных in vitro белком или пептидами HspЕ7, полученными из Е7 HPV типа 16, перекрестно реагировать с клетками, кратковременно обработанными соответствующими пептидами из двух других генотипов HPV (6 и 11). Клетки стимулируют и анализируют с использованием процедур, общепринятых в данной области. Вкратце, РВМС выделяют из периферической крови, прикрепленные клетки отделяют от неприкрепленных клеток и прикрепленные клетки культивируют с получением дендритных клеток (DC), как описано в Current Protocols in Immunology (Coligan et al., Eds., John Wiley and Sons, pp.7.32.7-8, 1999). Неприкрепленные клетки криосохраняют в 90% ФТС/10% ДМСО для использования в более поздней временной точке в этом анализе.

Для стимуляции дендритные клетки (DC) кратковременно обрабатывают 50 мкг/мл HspЕ7 или 40 мкг/мл подходящего пептида и 3 мкг/мл ₂-микроглуболина в течение 24 часов при 37 ^оС, 5% СО₂ (Kawashima et al., Human Immunol. 59:1, 1998). Используемыми пептидами являются HLA-А2-связывающие пептиды, полученные из молекулы Е7 HPV16, HPV6 и HPV11. Пептиды (например, десять пептидов) с наивысшей предсказанной HLA-А2-связывающей активностью, определенной с использованием компьютерного алгоритма (Parker et al., выше), используют для каждого из HPV16, HPV6 и HPV11. Кроме того, альтернативно, используют также соответствующие пептиды из двух других генотипов HPV (т.е. пептид 11-20 Е7 HPV16 и пептиды 11-20 Е7 HPV6 и HPV11). CD8⁺-клетки выделяют из криосохраняемых, аутологичных неприкрепленных клеток с использованием позитивного отбора с применением иммуномагнитных гранул (Miltenyi Biotec). Нагруженные пептидом/белком DC облучают при 4200 рад и смешивают с аутологичными CD8⁺-клетками в соотношении 1:20, например, в 48-луночных планшетах, содержащих 0,25×10 ⁵ дендритных клеток (DC) и 5×10⁵ CD8 ⁺-клеток и 10 нг/мл IL-7 в 0,5 мл RAB. В дни 7 и 14 эти клетки повторно стимулируют кратковременно обработанными пептидом аутологичными антигенпредставляющими клетками (АРС) (Kawashima et al., Human Immunol. 59:1, 1998). Каждые 2-3 дня в культуры подают 10 единиц/мл hIL-2. Е7-пептид HPV-специфические Т-лимфоциты анализируют с использованием флуорогенных МНС-пептидных комплексов (тетрамеров, Altman et al., Science 274:94, 1996) или при помощи ELISPOT-анализа (Asal et al., Clin. Diagn. Lab. Immunol. 7:145, 2000) после 7 и 14 дней стимуляции in vitro. Для FACS-анализа тетрамеры получают, как описано ранее (Altman et al., Science 274:94, 1996). Пептидами, используемыми для загрузки тетрамеров, являются HLA-А2-связывающие пептиды, полученные из молекулы Е7 HPV16, HPV6 и HPV11, как описано выше. Пептид-специфические Т-лимфоциты окрашивают РЕ-мечеными тетрамерами пептида Е7 HPV и FITC-меченым антителом против CD8 и анализируют проточной цитометрией (Youde et al., Cancer Res. 60:365, 2000). Анализ ELISPOT антигенспецифических Т-лимфоцитов, которые распознают HLA-А2-связывающие пептиды, происходящие из Е7 HPV16, Е7 HPV6 и Е7 HPV11, выполняют с использованием ранее описанных способов (Asal et al., Clin. Diagn. Lab. Immunol. 7:145, 2000). Подобным образом эти способы могут быть применены к субъектам с другими гаплотипами HLA.

Введение композиций

Данное изобретение включает композиции, содержащие по меньшей мере один белковый антиген HPV (например, белковый антиген HPV (или его антигенный фрагмент), белковый антиген HPV, смешанный или конъюгированный с белком теплового шока (hsp) (или его иммуностимуляторным фрагментом), или слитый белок, содержащий белковый антиген HPV (или его антигенный фрагмент) и hsp (или его иммуностимуляторный фрагмент). Необязательно, эти белки могут быть суспендированы в фармацевтически приемлемом носителе, таком как разбавитель (например, ЗФР) или раствор бикарбоната (например, 0,24 М NaHCO ₃). Применимые носители выбирают на основании схемы и пути введения и в соответствии со стандартной фармацевтической практикой. Подходящие фармацевтические носители и разбавители, а также фармацевтические требования для их применения, описаны в Remington's Pharmaceutical Sciences. Может быть также включен адъювант, например, холерный токсин, термолабильный энтеротоксин (LT) Escherichia coli, липосома или иммуностимулирующий комплекс (ISCOM).

Белок (белки) (например, слитый белок) не должен обязательно вводиться субъекту непосредственно. Вместо этого может быть введена нуклеиновая кислота, кодирующая данный белок; причем белок экспрессируется в субъекте in vivo. Нуклеиновая кислота может быть частью вектора (такого как вирусный вектор, например, частью генома вирусного вектора) или может быть инкапсулирована, например, в липосомах. Альтернативно нуклеиновая кислота может доставляться в виде "голой" нуклеиновой кислоты.

Композиции могут быть приготовлены в виде раствора, суспензии, суппозитория, таблетки, гранул, порошка, капсулы, мази или крема. Как отмечалось выше, в приготовлении этих композиций могут быть использованы один или более фармацевтических носителей. Дополнительные примеры фармацевтически приемлемых носителей или других добавок включают растворители (например, воду или физиологический раствор), солюбилизирующие агенты (например, этанол, полисорбаты или Кремофор EL®), агенты для придания изотоничности, консерванты, антиоксиданты, наполнители (например, лактозу, крахмал, кристаллическую целлюлозу, маннит, мальтозу, гидрофосфат кальция, рыхлый ангидрид кремниевой кислоты или карбонат кальция), связывающие вещества (например, крахмал, поливинилпирролидон, гидроксипропилцеллюлозу, этилцеллюлозу, карбоксиметилцеллюлозу или аравийскую камедь), смазывающие вещества (например, стеарат магния, тальк или отверждаемые масла) или стабилизаторы (например, лактозу, маннит, мальтозу, полисорбаты, макрогели или полиоксиэтиленовые отверждаемые касторовые масла). Если необходимо (или желательно), могут добавляться глицерин, диметилацетамид, лактат натрия, поверхностно-активное вещество, гидроксид натрия, этилендиамин, этаноламин, бикарбонат натрия, аргинин, меглумин или трисаминометан. Биодеградируемые полимеры, такие как сополимеры D,L-лактида и гликолида или полигликолиды, могут быть использованы в качестве объемного матрикса в том случае, когда желательным является получение композиции с пролонгированным действием (см., например, Патенты США 5417986, 4675381 и 4450150). Фармацевтические препараты, такие как растворы, таблетки, гранулы или капсулы, могут быть образованы с этими компонентами. Если композиция вводится перорально, могут быть добавлены улучшающие вкус и запах агенты и красители.

Терапевтические композиции могут вводиться любым подходящим путем, например, внутривенно, внутриартериально, местно, внутрибрюшинно, внутриплеврально, перорально, подкожно, внутримышечно, внутрикожно, подъязычно, интраэпидермально, через нос, внутрилегочно (например, ингаляцией), вагинально или ректально.

Количество вводимой композиции будет зависеть, например, от конкретной композиции, от того, вводится ли вместе с композицией адъювант, типа вводимого адъюванта, способа и частоты введения и желательного эффекта (например, защиты или лечения). Дозы обычно определяются специалистом в данной области в ходе разработки лекарственных средств или профилактических агентов. Обычно композиции данного изобретения вводят в количествах в диапазоне между 1 мкг и 100 мг на одну дозу для взрослого человека. Если с данными композициями вводятся адъюванты, используются количества в диапазоне между 1 нг и 1 мг на дозу для взрослого человека. Введение повторяют по мере необходимости, как может быть определено специалистом в данной области. Например, за прайминг-дозой могут следовать три бустер-дозы с недельными или месячными интервалами. Бустер-доза может быть назначена через 3-12 недели после первого введения, а вторая бустер-доза может быть назначена спустя 3-12 недели с использованием той же самой композиции. Могут быть взяты сыворотка или Т-клетки из субъекта для тестирования иммунной реакции, индуцируемой композицией против антигена HPV, включенного, например, в слитый белок или белковый конъюгат. Способы анализа антител или токсических Т-клеток против специфического антигена хорошо известны в данной области. Если необходимо, могут вводиться дополнительные бустер-дозы. Посредством варьирования количества, например, слитого белка в композиции протокол иммунизации может быть оптимизирован для индукции максимальной иммунной реакции.

Конечно, описанные здесь белки могут также доставляться введением нуклеиновой кислоты, такой как вирусный вектор (например, ретровирусный или аденовирусный вектор).

Авторы изобретения считают, что без дополнительного объяснения, на основании приведенного выше описания и приведенного ниже примера специалист в данной области сможет использовать данное изобретение в его самой полной степени. Следующий далее пример должен рассматриваться лишь как иллюстрирующий, каким образом специалист в данной области может выделить и использовать слитые полипептиды, и не является ограничивающим каким-либо образом данное изобретение.

ПРИМЕР

Слитый полипептид, содержащий Hsp65 BCG M. bovis, связанный с белком Е7 HPV типа 16, был рекомбинантно получен и приготовлен, как описано в WO 99/07860. Hsp65 является членом Hsp60-семейства индуцированных стрессом белков. В ходе клинического испытания человека для тестирования эффективности этого слитого полипептида в лечении анальных сквамозных внутриэпителиальных повреждений высокой степени (HSIL) было сделано следующее наблюдение.

Двадцать два пациента участвовали в рандомизированном, двойном слепом, контролируемом плацебо мультицентровом испытании HspЕ7 в лечении анальных HSIL. Подходящие пациенты имели подтвержденные при помощи биопсии анальные HSIL и были отрицательными в отношении вируса иммунодефицита человека (ВИЧ). Пациентов типировали в отношении HPV с использованием клеток, полученных из анального мазка, но не требовалось, чтобы они имели HPV-16. Индивидуальные повреждения не типировали в отношении HPV. Пациенты получали три подкожные инъекции 100 мкг либо HspЕ7, либо плацебо с месячными интервалами. Их оценивали в отношении реакции на лечение взятием анальных мазков на Pap, аноскопией с высоким разрешением (HRA) с биопсией и общей оценкой врача. Пациентов, не поддающихся лечению (т.е. пациентов со стойкими анальными HSIL), через 12-24 недель в этом контролируемом испытании переводили на открытое испытание, где они получали три инъекции 500 мкг HspЕ7 с месячными интервалами. Лечение представляло собой двойное слепое, контролируемое плацебо клиническое испытание и "слепота" не нарушалась.

Для определения типа (типов) HPV, инфицирующего пациентов, использовали тампон Dacron для сбора образцов из ануса пациентов во время процедуры скрининга (обследования) рандомизированного, контролируемого плацебо испытания, непосредственно перед биопсией. После переноса в среду для транспортировки проб (Digene) выделяли ДНК и использовали ее для определения типа HPV. Вкратце, использовали набор консенсусных праймеров MY09/MY11 для амплификации ДНК HPV полимеразной цепной реакцией (ПЦР). После стадии амплификации пробы блотировали (промакали) на найлоновую мембрану и зондировали мечеными биотином олигонуклеотидами, специфическими в отношении 29 различных типов HPV (6, 11, 16, 18, 26, 31, 32, 33, 35, 39, 40, 45, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 59, 61, 66, 68, 69, 70, 73, АЕ2, Рар155 и Рар291), плюс объединенным зондом, содержащим праймеры для 10 типов HPV (2, 13, 34, 42, 57, 62, 64, 67, 72 и W13B). Пробы, которые давали "дот-блот", оценивали в баллах как положительные или негативные в отношении типа HPV сравнением со стандартизованными контролями с использованием 5-балльной шкалы; бал 1 или более был положительным.

Для подтверждения, что ПЦР была успешной, для каждой пробы выполняли контрольную амплификацию с бета-глобином и детектирование при помощи зонда. Если проба не была положительной в присутствии бета-глобина, эту стадию считали технической ошибкой. Если консенсусный зонд не давал оценку 2 или более высокую оценку, пробу считали "HPV-отрицательной".

В момент их вступления в открытое испытание 14 из 22 пациентов (64%) имели аногенитальные бородавки, которые сохранялись стойко во время всего предыдущего двойного слепого испытания, в котором они получали три ежемесячные инъекции 100 мкг либо HspЕ7, либо плацебо. Из этих 14 пациентов 8 пациентов (57%) показали ухудшение, 4 пациента (29%) не имели изменений и 2 пациента (14%) имели улучшение (одно сильное, а другое минимальное) в тот момент, когда их переводили в открытое испытание. Дополнительный пациент имел кондилому, присутствующую в начале двойного слепого испытания, которая исчезла перед началом открытого испытания, и он был исключен из этого анализа, как и семь других пациентов, которые не имели детектируемых кондилом во время каждого из испытаний. Кондиломы присутствовали в аноректальном канале у всех 14 пациентов (100%) и кроме того на околоанальной коже у 6 из 14 пациентов (43%). Из 14 пациентов с бородавками в начале открытого испытания исследователь этого участка испытаний определил, что хирургическое удаление требовалось для 11 пациентов (79%), локальное удаление (например, жидким азотом, электрокаутеризацией) требовалось для 2 пациентов (14%) и местная обработка (т.е. imiquimod) требовалась для одного пациента (7%). Эти пациенты предпочли отложить рекомендуемое этим исследователем лечение и дали вместо этого согласие получить три инъекции по 500 мкг HspЕ7 с месячными интервалами в открытом испытании.

Спустя один месяц после последнего назначения 500 мкг HspЕ7 2 пациента (14%) не имели детектируемых кондилом, 11 пациентов (79%) имели уменьшение размеров или числа бородавок в сравнении с их состоянием при вступлении в открытое испытание и 1 пациент (7%) имел увеличение размера бородавки (таблица 1). В момент первичной оценки открытого испытания (спустя 4 месяца после последней дозы) один дополнительный пациент испытывал улучшение от частичной до полной реакции (т.е. отсутствие видимых кондилом), что составило в целом три полностью реагирующих на лечение (21%) пациента (таблица 1). Ни у одного из этих реагирующих на лечение пациентов в открытом испытании не было рецидива в течение последующих шести месяцев. Десять пациентов (71%) продолжали проявлять улучшение в виде частичной реакции (т.е. бородавки уменьшались дополнительно в размере значимо с продолжающимся уменьшением степени лечения, необходимым для удаления остальных бородавок). Один не реагирующий на это лечение пациент (7%) не обнаружил улучшения в конце открытого испытания.

ТАБЛИЦА 1
Суммирование реакции аногенитальных бородавок при лечении HspЕ7
Результат	Число (%) пациентов
	Неделя 12*	Неделя 24**
	(n=14)	(n=14)
Пациенты с полной реакцией	2 (14)	3 (21)
Пациенты с частичной реакцией	11 (79)	10 (71)
Пациенты без реакции	1 (7)	1 (7)
* Спустя один месяц после последнего лечения 500 мкг HspЕ7. ** Спустя 4 месяца после последнего лечения 500 мкг HspЕ7.

В конце этого испытания исследователь этого участка испытаний не рекомендовал дальнейшее лечение для трех пациентов с полной реакцией. Как указано в таблице 2, рекомендуемой исследователем этого участка испытаний обработкой для пациентов с частичной реакцией была удаляющая терапия (6 из 14,43%) или обработка агентом для местного применения (4 из 14,29%); дополнительная хирургия была рекомендована для пациентов, не реагирующих на лечение (1 из 14,7%). Все 22 пациента вошли в регистрационный протокол для долгосрочного доведения до конца их ответной реакции, и они согласились отложить рекомендуемое этим исследователем лечение.

ТАБЛИЦА 2
Оценки реакции аногенитальных бородавок и рекомендуемая клиницистом терапия
Фон*			Неделя 12**		Неделя 24***
Число пациентов	Рекомендованное лечение	Реакция бородавок	Рекомендованное лечение	Реакция бородавок	Рекомендованное лечение
003	Хирургия	CR	Местная	CR	Никакого лечения
004	Хирургия	PR	Удаление	PR	Удаление
005	Местная	PR	Местная	CR	Никакого лечения
006	Хирургия	PR	Хирургия	PR	Удаление
008	Удаление	PR	Местная	PR	Местная
009	Хирургия	PR	Удаление	PR	Местная
010	Хирургия	PR	Удаление	PR	Удаление
011	Хирургия	CR	Местная	CR	Никакого лечения
014	Хирургия	PR	Местная	PR	Местная
016	Хирургия	Ухудшение	Хирургия	Ухудшение	Хирургия
017	Удаление	PR	Местная	PR	Местная
020	Хирургия	PR	Удаление	PR	Удаление
021	Хирургия	PR	Удаление	PR	Удаление
022	Хирургия	PR	Удаление	PR	Удаление
* Базовая линия (Фон) относится к началу открытого испытания. ** Спустя один месяц после последнего лечения 500 мкг HspЕ7. *** Спустя 4 месяца после последнего лечения 500 мкг HspЕ7. Аббревиатуры: CR=полная реакция; PR=частичная реакция.

У всех 14 пациентах с аногенитальными бородавками (кондиломами) в пробах анальных мазков во время первого, рандомизированного, контролируемого плацебо испытания детектировали ДНК HPV множественных типов HPV (таблица 3). HPV-6 и/или HPV-11 присутствовали в 12 пациентах (86%). Один пациент имел только HPV-16 и родственные типы, а другого пациента не удалось типировать. Три из 14 пациентов (21%) были положительными в отношении HPV-16. Большинство пациентов, которые имели улучшение в размере или числе бородавок (11 из 13, 85%) не имели HPV-16. Не рагирующие на лечение пациенты не имели HPV-16 (см. таблицу 3).

ТАБЛИЦА 3
Типы HPV у пациентов с аногенитальными бородавками
Число пациентов	Тип HPV в образцах анальных мазков при обследовании*	Реакция бородавок (неделя 24**)
003	6, 11, 16	CR
004	6, 54	PR
005	6, 70	CR
006	6, 11, 45	PR
008	16, 31, 55	PR
009	6, 11, 59	PR
010	6, 11, 45, 54	PR
011	HPV-положительный, тип неизвестен	CR
014	6, 11	PR
016	11, 61	Ухудшение
017	HPV-отрицательный	PR
020	6, 11, 16	PR
021	6, 31, 53, 58, 59, 61, 66	PR
022	6	PR
* Процедура обследования рандомизированного, контролируемого плацебо испытания. ** Спустя четыре месяца после последнего лечения 500 мкг HspЕ7. Аббревиаторы: HPV=вирус папилломы человека; CR=полная реакция; PR=частичная реакция.

В этом открытом перекрестном испытании HspЕ7 (500 мкг с 3-месячными интервалами), в котором участвовали пациенты со стойкими анальными HSIL и сопутствующими аногенитальными кондиломами, 3 из 14 пациентов (17%), которые имели бородавки при фоне (базовой линии), уже не имели бородавок спустя 4 месяца после последней дозы. Другие 10 пациентов (71%) испытывали улучшение в их симптомах (т.е. бородавки уменьшались значимо в размере и продолжалось уменьшение степени обработки, необходимое для удаления оставшихся бородавок). Один пациент (7%) не имел улучшения на протяжении всего испытания и исследователем этого участка испытаний была рекомендована хирургия.

Перед включением в открытое испытание большинство пациентов этого участка испытаний были подвергнуты хирургическому вмешательству для удаления их бородавок (11 из 14,79%). В конце этого испытания хирургическое удаление было рекомендовано только для одного пациента. Местная удаляющая терапия (например, жидким азотом, электрокаутеризацией) была рекомендована для шести пациентов (43%) и лечение лекарственным средством для местного применения (например, imiquimod) была рекомендована для четырех пациентов (29%). Три пациента не нуждались в дополнительной терапии.

Реакции оказались прогрессирующими на протяжении 6 месяцев, и ни один из реагирующих на эту терапию пациентов не дал рецидивов на протяжении этого периода. Постепенное и прогрессирующее исчезновение кондилом находится в соответствии с тем, что можно было бы ожидать от иммунологической реакции хозяина после индукции клеточно-опосредованного иммунитета с использованием HspЕ7.

Два пациента в двойном слепом испытании имели некоторое улучшение в их кондиломах перед вступлением в открытое испытание. До сих пор авторы изобретения не нарушали "слепоты" испытания и не знали, получали эти пациенты 100 мкг HspЕ7 или плацебо. Однако на основании реакции, наблюдаемой в открытом испытании трехмесячных инъекций 500 мкг HspЕ7, оказалось, что более высокая доза является более активной, чем доза 100 мкг.

ДНК HPV-16 обнаруживалась в пробах анальных мазков только у 3 из 13 пациентов (23%), состояние бородавок которых улучшилось в результате лечения HspE7. ДНК HPV-6 и/или HPV-11 была обнаружена у большинства пациентов, бородавки которых реагировали на лечение HspE7. Эти данные свидетельствуют об иммунологической перекрестной реактивности этих типов HPV при их реакции с HspE7.

В целом, представленные здесь результаты свидетельствуют, что HspЕ7 являются активным в широком применении для лечения аногенитальных бородавок. Оказалось, что активность не ограничивается только HPV-16-положительными пациентами, но проявляется перекрестно со множественными типами HPV. Предсказывается, что HspЕ7 будет активным в лечении индуцируемых HPV заболеваниях аногенитальной области и что эта активность не будет ограничиваться только HPV-16-положительными пациентами.

Сообщенные здесь наблюдения предполагают, что терапевтическая обработка HspЕ7 может представлять новый, простой и не требующий хирургического вмешательства способ лечения для аногенитальных бородавок, который, как минимум, мог бы ослаблять тяжесть заболевания, снижая тем самым объем лечения и, как следствие, болезненность. Внутреннее аноректальное заболевание часто требует дополнительного лечения, которое может быть очень болезненным и изнуряющим. Любое лечение, которое обеспечивает даже частичную реакцию, которая уменьшает или исключает количество или степень "хирургического" или абляционного лечения, приводит к уменьшению болезненности, меньшей потере времени, требующей прекращения активной работы, и улучшению качества жизни.

Эти результаты показывают, что композиция, содержащая комплекс белок теплового шока/антиген HPV типа 16, является эффективной в устранении или уменьшении бородавок, которые, как считается, обусловлены преимущественно HPV типов 6 и 11. Важными являются наблюдения, что (1) бородавки вообще могут лечиться композицией на основе HPV и (2) композиция HPV типа 16 была эффективной в лечении состояния, предположительно вызываемого HPV другого типа, чем тип 16. Последний перекрестно-реактивный результат был полностью неожиданным, так как обычно существует мнение, что только типоспецифическая композиция индуцирует типоспецифическую иммунную реакцию.

Для выяснения возможного механизма наблюдаемой перекрестной реактивности этого слитого полипептида рассчитывали теоретическое связывание для различных молекул HLA класса I и пептидов Е7 типов 16, 6 и 11 HPV. Т_1/2 диссоциации рассчитывали с использованием алгоритма, описанного в Parker et al., J. Immunol. 152:163, 1994 (см. также указанный выше веб-сайт). Эти данные суммированы в таблице 4.

Таблица 4
Тип HLA	HPV типа 16			HPV типа 6			HPV типа 11
	старт	Последовательность	T1/2	Старт	Последовательность	T1/2	Старт		Последовательность	T1/2
A1	44	QAEPDRAHY	900	44	DSQPLKQHY	8	44		DAQPLTQHY	5
	16	QPETTDLYCY	23	17	PPDPVGLHCY	6	17		PPDPVGLHCY	6
							68		VVECTDGDIR	9
A_0201	11	YMLDLQPET	375
	7	TLHEYMLDL	201	7	TLKDIVLDL	7	7		TLKDIVLDL	7
	82	LLMGTLGIV	54	82	LLLGTLNIV	412	82		LLLGTLNIV	412
				28	QLVDSSEDEV	140	28		QLEDSSEDEV	9
	78	TLEDLLMGT	5	79	VQQLLLGTL	1	78		QLQDLLLGT	70
A_0205	7	TLHEYMLDL	50	7	TLKDIVLDL	4	7		TLKDIVLDL	4
	11	YMLDLQPET	27	12	VLDLQPPDPV	1	12		VLDLQPPDPV	1
	82	LLMGTLGIV	20	82	LLLGTLNIV	20	82		LLLGTLNIV	20
	78	TLEDLLMGT	2	79	VQQLLLGTL	19	78		QLQDLLLGT	42
	5	TPTLHEYML	0	5	HVTLKDIVL	14	5		LVTLKDIVL	24
A24	56	TFCCKCDSTL	20
	51	HYNIVTFCC	11	51	HYQIVTCCC	11	51		HYQILTCCC	9
	24	CYEQLNDSS	9	25	CYEQLVDSS	9	25		CYEQLEDSS	9
	4	DTPTLHEYML	6	5	HVTLKDIVL	4	4		RLVTLKDIVL	12
				39	EVDGQDSQPL	5	39		KVDKQDAQPL	10
A3	88	GIVCPICSQK	14	88	NIVCPICAPK	5	88		NIVCPICAPK	5
	7	TLHEYMLDL	8	7	TLKDIVLDL	5	7		TLKDIVLDL	5
A68.1	68	CVQSTHVDIR	200	68	VVQCTETDIR	200	68		VVECTDGDIR	200
	89	IVCPICSQK	180	89	IVCPICAPK	180	89		IVCPICAPK	180
A_1101	89	IVCPICSQK	2,0	89	IVCPICAPK	2	89		IVCPICAPK	2,0
	68	CVQSTHVDIR	1,8	68	VVQCTETDIR	1	68		VVQCTETDIR	0,6
A_3101	69	VQSTHVDIR	4,0	69	VQCTETDIR	2	68		VVECTDGDIR	2,0
	88	GIVCPICSQK	0,4	88	NIVCPICAPK	0	88		NIVCPICAPK	0,4
A_3302	68	CVQSTHVDIR	15	68	VVQCTETDtR	15	68		VVECTDGDIR	15
	58	CCKCDSTLR	3	58	CCGCDSNVR	3	58		CCGCDSNVR	3
B14	65	LRLCVQSTHV	30	65	VRLVVQCTE	1	65		VRLVVECTD	1
	4	DTPTLHEYML	18	3	GRHVTLKDI	12	3		GRLVTLKDI	60
	5	TPTLHEYML	3	6	VTLKDIVLDL	10	6		VTLKDIVLDL	15
	76	RTLEDLLMGT	1	76	IREVQQLLL	4	76		IRQLQDLLL	20
B40	36	DEIDGPAGQA	120	35	DEVDEVDGQ	2	35		DEVDKVDKQ	2
	74	VDIRTLEDL	10	74	TDIREVQQL	10	74		GDIRQLQDL	20
	77	RTLEDLLMGT	0	77	REVQQLLLGT	16
	87	LGIVCPICS	0	87	LNIVCPICA	2	87		LNIVCPICA	2
B60	79	LEDLLMGTL	176	79	VQQLLLGTL	2	79		LQDLLLGTL	2
	20	TDLYCYEQL	44	21	VGLHCYEQL	9	21		VGLHCYEQL	9
	74	VDIRTLEDL	40	74	TDIREVQQL	44	74		GDIRQVQDL	44
				40	VDGQDSQPL	20	40		VDKQDAQPL	20
B61	36	DEIDGPAGQA	40	35	DEVDEVDG	1	35		DEVDKVDKQ	1
	34	EEDEIDGPA	20	33	SEDEVDEV	40	33		SEDEVDKV	40
				72	TETDIREV	80	72		TDGDIRQL	1
	29	NDSSEEEDEI	1				29		LEDSSEDEV	40
B62	15	LQPETTDLY	88	15	LQPPDPVGL	6	15		LQPPDPVGL	6
	43	GQAEPDRAHY	44	44	DSQPLKQHY	1	44		DAQPLTQHY	5
	7	TLHEYMLDL	3	7	TLKDIVLDL	16	7		TLKDIVLDL	16
	82	LLMGTLGIV	2	83	LLGTLNIVC	11	83		LLGTLNIVC	11
B7	5	TPTLHEYML	80	5	HVTLKDIVL	20	5		LVTLKDIVL	20
	75	DIRTLEDLL	40	75	DIREVQQLL	40	75		DIRQLQDLL	40
	46	EPDRAHYNI	2	46	QPLKQHYQI	8	46		QPLTQHYQIL	80
В8	58	CCKCDSTLRL	16	58	CCGCDSNVRL	1	58		CCGCDSNVRL	1
	75	DIRTLEDL	8	75	DIREVQQL	12	75		DIRQLQDLL	8
				7	TLKDIVLDL	12	7		TLKDIVLDL	12
В_2702	48	DRAHYNIVTF	60	49	KQHYQIVTC	6	49		TQHYQILTC	2
	76	IRTLEDLLM	20	76	IREVQQLLL	60	76		IRQLQDLLL	60
	65	LRLCVQSTH	20	65	VRLVVQCTET	20	65		VRLVVECTD	2
	2	HGDTPTLHEY	1	3	GRHVTLKDIV	20	3		GRLVTLKDIV	20
В_2705	76	IRTLEDLLM	600	76	IREVQQLLL	2000	76		IRQLQDLLL	2000
	65	LRLCVQSTHV	600	65	VRLVVQCTET	200	65		VRLVVECTD	20
				3	GRHVTLKDIV	600	3		GRLVTLKDIV	600
В_3501	5	TPTLHEYML	20	5	HVTLKDIVL	1	5		LVTLKDIVL	1
	16	QPETTDLYCY	18	15	LQPPDPVGL	2	15		LQPPDPVGL	2
	43	GQAEPDRAHY	6	44	DSQPLKQHY	10	44		DAQPLTQHY	6
	46	EPDRAHYNIV	1	46	QPLKQHYQI	8	46		QPLTQHYQIL	20
В_3701	74	VDIRTLEDLL	200	74	TDIREVQQLL	300	74		GDIRQLQDLL	200
	20	TDLYCYEQL	40	21	VGLHCYEQLV	1	21		VGLHCYEQL	1
				40	VDGQDSQPL	40	40		VDKQDAQPL	40
	80	EDLLMGTLGI	40	80	QQLLLGTLNI	1	80		QDLLLGTLNI	40
В_3801	78	TLEDLLLMGTL	8	78	EVQQLLLGTL	1	79	LQDLLLGTL		4
	50	AHYNIVTFC	4	50	QHYQIVTCC	4	50	QHYQILTCC		4
	5	TPTLHEYML	2	4	RHVTLKDIVL	30	4	RLVTLKD1VL		1
				39	EVDGQDSQPL	6	39	KVDKQDAQPL		3
	71	STHVDIRTL	1	71	CTETDIREV	1	71	CTDGDIRQL		6
В_3901	78	TLEDLLMGTL	27	79	VQQLLLGTL	5	79	LQDLLLGTL		14
	73	HVDIRTLEDL	14	73	ETDIREVQQL	14	74	GDIRQLQDL		1
	77	RTLEDLLMGT	1	76	IREVQQLLL	45	75	DIRQLQDLL		1
	4	DTPTLHEYML	2	4	RHVTLKDIVL	90	3	GRLVTLKDI		15
В_3902	59	CKCDSTLRL	20	59	CGCDSNVRL	2	59	CGCDSNVRLV		3
	7	TLHEYMLDL	2	7	TLKDIVLDL	1	6	VTLKDIVLDL		9
	79	LEDLLMGTL	1	79	VQQLLLGTL	24	79	LQLQDLLLGT		24
	15	LQPETTDLY	1	15	LQPPDVGL	20	15	LQPPDPVGL		20
В_4403	36	DEIDGPAQQA	90	35	DEVDEVDGQ	7	35	DEVDKVDKQ		16
	3	GDTPTLHEY	45
	44	QAEPDRAHY	6	44	DSQPLKQHY	18	44	DAQPLTQHY		27
				77	REVQQLLLGT	12
В_5101	46	EPDRAHYNI	880	46	QPLKQHYQI	440	46	QPLTQHYQI		400
	84	MGTLGIVCPI	114	84	LGTLNIVCPI	114	84	LGTLNIVCPI		114
В_5102	46	EPDRAHYNI	220	46	QPLKQHYQI	1452	46	QPLTQHYQI		1452
	84	MGTLGIVCPI	88	84	LGTLNIVCPI	88	84	LGTLNIVCPI		88
				21	VGLHCYEQLV	145	21	VGLHCYEQL		73
В_5103	46	EPDRAHYNI	58	46	QPLKQHYQI	83	46	QPLTQHYQI		58
	84	MGTLGIVCPI	44	84	LGTLNIVCPI	44	84	LGTLNIVCPI		44
				21	VGLHCYEQLV	53
В_5201	46	EPDRAHYNIV	100	46	QPLKQHYQIV	132	46	QPLTQHYQIL		22
	81	DLLMGTLGIV	33	82	LLLGTLNIV	50	82	LLLGTLNIV		50
				60	GCDSNVRLVV	40	60	GCDSNVRLVV		40
В_5801	49	RAHYNIVTF	79,00	49	KQHYQIVTCC	0	48	LTQHYQILTC		3,0
	77	RTLEDLLMGT	24	77	REVQQLLLGT	0	77	RQLQDLLLGT		0,1
	6	PTLHEYMLDL	0,2	6	VTLKDIVLDL	8	6	VTLKDIVLDL		8,0
	44	QAEPDRAHY	6,0	44	DSQPLKQHY	5	44	DAQPLTQHY		3,0
	85	GTLGIVCPI	4,0	85	GTLNIVCPI	4	85	GTLNIVCPI		4,0
Cw_0301	20	TDLYCYEQL	100	21	VGLHCYEQL	100	21	VGLHCYEQL		100
	74	VDIRTLEDL	30	74	TDIREVQQL	36	74	GDIRQLQDL		36
				46	QPLKQHYQIV	6	46	QPLTQHYQIL		120
Cw_0401	56	TFCCKCDSTL	200				57	CCCGCDSNV		1
	5	TPTLHEYML	88
	73	HVDIRTLEDL	14	73	ETDIREVQQL	12	73	DGDIRQLQDL		12
	46	EPDRAHYNI	17	46	QPLKQHYQIV	11	46	QPLTQHYQIL		88
Cw_0602	79	LEDLLMGTL	6	79	VQQLLLCTL	13	79	LQDLLLGTL		13
	85	GTLGIVCPI	6	85	GTLNIVCPI	6	85	GTLNIVCPI		6
	7	TLHEYMLDL	2	7	TLKDIVLDL	12	7	TLKDIVLDL		12
Cw_0702	3	GDTPTLHEY	27	3	GRHVTLKDI	1	3	GRLVTLKDI		1
	15	LQPETTDLY	8	16	QPPDPVGLHC	3	16	QPPDPVGLHC		3
	43	GQAEPDRAHY	2	43	QDSQPLKQHY	11	43	QDAQPLTQHY		32
	7	TLHEYMLDL	1	7	TLKDIVLDL	4	7	TLKDIVLDL		4

Пептидные последовательности, напечатанные жирным шрифтом, показывают верхние два связывающих сайта для каждой молекулы HLA и для каждого белка Е7 из каждого типа HPV.

Результаты в таблице 4 предполагают, что, в зависимости от конкретной испытанной молекулы HLA антиген Е7 типа 16 HPV может запускать клеточную иммунную реакцию против антигена Е7 других типов HPV. Например, для HLA В 2705 высокий уровень связывания был предсказан в отношении пептидов, начинающихся от положения аминокислоты 76 Е7, для всех трех типов HPV. Таким образом, возможно, что, для пациентов, экспрессирующих эту молекулу HLA, композиция Е7 типа 16 HPV могла бы быть перекрестно-реактивной и применимой для лечения или профилактики инфекции типами 6 и 11 HPV. Каждый из напечатанных жирным шрифтом пептидных фрагментов в таблице 4 представляет возможный антигенный фрагмент, который может быть включен в эти композиции (например, описанные здесь слитые белки) в качестве замены полного вирусного антигена Е7. Конечно, могут быть также использованы два или более таких предполагаемых эпитопов HLA или более длинный фрагмент, содержащий много предполагаемых эпитопов HLA.